Era feudal
Mais tarde a capital seria transferida para Heian-kio, a moderna Quioto e dar-se-ia o rompimento do imperador Kammu e os monges budistas. Apartir daí foi estabelecida a escrita japonesa e uma nova literatura. Foi também nesse período que os samurais se tornaram os guardiães da corte.
Contudo foram surgindo disputas entre os clãs Tairo e Minamoto, e iniciou-se uma guerra civil que durou até 1185, com a ascenção do clã Minamoto. Este estabeleceria um shogunato em Kamakura .Enquanto seguia as leis do governo Heian, o governo Kamakura foi implementado por uma rede de samurais em todo o país que se comprometiam a manter a paz. Como o poder real era exercido localmente, os samurais foram capazes de assumir a terra dos ricos proprietários de terra aristocráticos e, portanto, levaram o governo Heian em Quioto a tornar-se ainda mais fraco. A paz foi de novo restaurada e houve um periodo de enriquecimento cultural até ao ao Imperador Go-Daigo.
O surgimento dos daimyo de base local, enfraqueceu o shogunato e esse enfraquecimento levou a Guerra de Õnin entre 1467 e 1477 entre os Kosokawa e os Yamana que deu fim ao shogunato. Sem uma autoridade central, os daimyos, agora com autoridade absoluta em seus domínios, deram início a um período de guerras que só terminaria entre 1550 e 1560 com a conquista dos demais domínios por Oda Nobuga.
No séc XVI, os portugueses chegaram ao Japão e praticaram o comércio e a evangelização. Durante os 100 anos de presença no país, os portugueses a população cristã ascendeu aos 150000 cristãos e levou a construção de 200 Igrejas.
Em 1590 o país unificou-se, pela mão de Toyotomi Hideyoshi. Após a sua morte, Tokogawa Ieyasu, aproveitou-se da sua posição para ganhar alguns apoios. Em 1603, iniciou-se uma guerra, que foi por ele ganha, o que levou Tokogawa a fundar novo shogunato com capital em Edo (atual Tokyo) e expulsou os portugueses e estrangeiros residentes no país, dando início à perseguição dos cristãos, levando à sua morte ou conversão forçada.